近年来，门店管理系统越来越被商家重视，但由于盒马鲜生等公司尝试实现了店仓一体化，在实践中发现了一些缺点。

1、员工培训成本大

店仓一体化需要员工掌握更多的操作技能和知识，这就增加了员工培训的成本和难度。对于中小型商家来说尤为突出，因为他们的员工数量相对较少，员工流动率也比较高。

2、数据处理不灵活

如果一家商家既卖线上又卖线下，采用店仓一体化后，开始可能更方便地进行数据整合。但是，在运营中，往往会遇到异常情况或者异常订单，此时不同渠道之间的对账可能非常复杂。而单独使用店铺管理系统，我们可以分别处理每个店铺或者渠道的数据，这样考虑问题的就更灵活，方法也就更多种多样。

3、库存控制风险加大

店铺管理系统和仓库管理系统相互独立，从而实现了库存的管理。如果把它们合并到一起，会增加一些新的风险。例如，在店铺订单、退货和仓库管理中，会出现各种异常情况，如售后、库存报损和样品领用等。在单独使用仓库管理系统时这些问题都可以通过配置不同的规则予以解决，在店仓一体化模式下就需要寻找更为复杂的解决方案。

4、系统维护成本高

店仓一体化涉及到多端应用和服务的全面对接，这对技术和人力保障提出了更高的要求。而且需要保持较高的运行质量和可靠性，持续地进行调整和升级，这会让商家的系统维护成本更高。